平一姑与其子平常初到京城，以假医术骗人，赚点小钱！平常活泼、鬼主意多多，在赌坊遇一名似流浪汉王九，二人本是冤家，后来，平常发现王九医术高明，遂拜王九为师，望能习得惊世医术，以便财源滚滚来。

　　农草堂乃传说中医神之子，在医神大弟子、当今太医院院使段天命的抚养下成长。草堂尽得天命真情，医术高超，是众人眼中未来太医院院使之继任人选。

　　平常及草堂萍水相逢，两个性格迥异之人，却成了好友。

　　平常佩服段天命的医术，遂在王九暗助下投其门下！天命之女素问患有性格分裂性，另一身份是灵枢。素问与平常经常接触，二人产生感情；草堂与灵枢也互生情愫。可在王九医治素问的手术后，只留下了灵枢，令平常失去挚爱。

　　平常习医时间虽短，却具有天分，对医道每有创见，令草堂为之侧目，二人遂成了医道上的对手。

　　好酒不羁的赤脚大夫王九实是失踪多年，医神的二弟子王霄，因在医道上见解分歧，王九与段天命关系冷淡，不相往来。传闻当年医神已炼成了不死药，段天命为了得到不死药之药方，多次千方百计的逼迫王九及平常，以达其所愿……

　　平一姑发现农草堂是自己的亲生儿子，迫于段天命的威胁而不敢相认。平常实则是医神农金匮之子！农草堂得悉后不愿接受真实身世。

　　日本武士登陆中原图谋协助惠帝推翻成祖！惠帝收买了段天命与农草堂。成祖及众臣身中剧毒，危急关头，被平常救之，惠帝功败垂成自尽，段天命与农草堂被囚。灵枢亦记起了素问的一切，终和平常走到了一起……